Ông là một lý thuyết gia về thần quyền Giáo hoàng. Đối với ông Giáo hoàng là người trung gian giữa Thiên Chúa và vua chúa; Innocente III nhắm đến một cộng đồng các quốc gia Kitô trên hoàn vũ, sống theo luật Tin Mừng tuân theo một quyền bính tối cao mà đại diện Đức Kitô nơi trần gian là Giáo hoàng.

Innôcentê III tâm sự: "Giáo hội đã giao cho tôi một gia sản quý hơn mọi gia sản. Vì việc có đầy đủ quyền thiêng liêng sẽ mang đến vô vàn sở hữu trần gian. Bởi vì các tông đồ chỉ được gọi là chia sẻ quyền bính, chỉ riêng Phêrô có đầy đủ quyền bính. Tôi đã được người trao mũ linh mục và vương miện trong vương quốc. Người đặt tôi làm đại diện với phẩm phục ghi rõ "vua các vua, chúa các chúa, linh mục đời đời theo phẩm hàm Melchisedech..."

Như mặt trăng nhận ánh sáng từ mặt trời, quyền lực của vị vua, cả vinh dự và phẩm chức, cũng từ quyền lực của các Giáo hoàng như vậy. Chúng tôi đã nhận quyền lực từ Chúa Cha đầy thương xót, chúng tôi cũng phải dùng quyền ấy để ủng hộ những ai biết dùng chúng với lòng xót thương.[3]

Innôcentê III, là người đầu tiên đã dùng danh xưng Ðại Diện Ðức Kitô. Giáo hoàng Innôcentê III ký sắc lệnh tuyên bố rằng người kế vị Phêrô "không bao giờ, bằng bất cứ cách nào, có thể tách khỏi đức tin Công giáo" tức là sự vô ngộ của Giáo hoàng; lên án bản Tín điều; cấm đọc Kinh Thánh bằng tiếng bản xứ.